Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) menegaskan bahwa terdapat kejahatan terhadap kemanusiaan, termasuk perkosaan, dalam peristiwa Mei 1998. Penegasan ini merupakan respons terhadap Menteri Kebudayaan Fadli Zon yang membantah adanya perkosaan massal pada peristiwa tersebut. Pada tahun 2003, Komnas HAM membentuk Tim Ad Hoc Penyelidikan Pelanggaran HAM yang Berat Peristiwa Kerusuhan 13-15 Mei 1998, bekerja berdasarkan Undang-undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM. Tim Ad Hoc menyelesaikan penyelidikan pada September 2003. Berdasarkan hasil penyelidikan, peristiwa kerusuhan tersebut dinyatakan sebagai pelanggaran HAM yang berat.
Bentuk-bentuk tindakan kejahatan terhadap kemanusiaan dalam peristiwa tersebut termasuk pembunuhan, perampasan kemerdekaan, penyiksaan, perkosaan, dan persekusi. Pada tahun 2022, pemerintah menerbitkan Keppres Nomor 17 Tahun 2022 tentang Pembentukan Tim Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran HAM yang Berat (Tim PPHAM). Setelah menerima Laporan Akhir Tim PPHAM, Presiden mengakui peristiwa kerusuhan tersebut dan 11 peristiwa lainnya sebagai pelanggaran HAM yang berat. Presiden juga mengeluarkan Inpres Nomor 2 Tahun 2023 tentang Pelaksanaan Rekomendasi Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran HAM yang Berat.
Pada 11 Desember 2023, keluarga korban peristiwa kerusuhan Mei 1998 mendapatkan layanan dari Pemerintah Pusat dan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta. Penyataan Menteri Kebudayaan Fadli Zon yang membantah adanya perkosaan dalam peristiwa Mei 1998 disesalkan oleh Anis Hidayah. Anis mengungkapkan bahwa sebagian korban dan keluarga korban sudah mendapatkan layanan pemerintah sebagai bukti dari pengakuan pemerintah terhadap kejadian tersebut. Penyataan Fadli Zon yang memicu kemarahan publik tersebut mencuat dalam sebuah wawancara video di kanal YouTube IDN Times pada 10 Juni 2025.
Fadli Zon kembali memberikan klarifikasi, menyatakan bahwa perkosaan dalam peristiwa Mei 1998 tidak didukung oleh data yang solid. Menurutnya, laporan TGPF tidak menyebut informasi yang jelas mengenai perkosaan massal dalam peristiwa tersebut. Fadli menilai pentingnya kehati-hatian dalam menyebut tragedi perkosaan massal untuk menjaga kebenaran dan nama baik bangsa.
