Aktivitas pertambangan di pulau-pulau kecil Raja Ampat menjadi perhatian penting bagi masyarakat Indonesia karena adanya dugaan kerusakan lingkungan yang serius. Menteri Lingkungan Hidup, Hanif Faisol Nurofiq, menegaskan komitmen pemerintah dalam menegakkan hukum lingkungan terhadap perusahaan tambang yang melakukan pelanggaran di wilayah tersebut. Salah satu perusahaan yang terlibat adalah PT ASP di Pulau Manuran, yang melakukan kegiatan tambang tanpa manajemen lingkungan yang memadai, menyebabkan pencemaran air laut dan kekeruhan tinggi di pantai. Dokumen lingkungan PT ASP juga masih belum diterima oleh KLHK, sehingga pemerintah akan mereview dokumen tersebut untuk menegakkan hukum. Selain itu, pelanggaran lingkungan juga ditemukan di lokasi tambang PT KSM di Pulau KW dan PT MRP di Pulau Mayapun, yang menyebabkan penghentian kegiatan tambang di kedua lokasi tersebut. Pemerintah sedang memproses penegakan hukum terhadap perusahaan-perusahaan tersebut untuk menjaga kelestarian lingkungan di Raja Ampat.
