Banjir menutupi jalur terowongan Tol Wiyoto Wiyono setelah diguyur hujan di Jakarta. Akibatnya, lalu lintas yang menuju tol tersebut dialihkan. Berdasarkan laporan TMC Polda Metro Jaya pada Minggu (6/7), genangan air terjadi di Tol Wiyoto Wiyono dari Halim menuju Tanjung Priok sejak pukul 20.47 WIB. TMC melaporkan genangan mencapai 60 cm di terowongan tersebut. Sebagai alternatif, pengemudi yang hendak masuk Tol Wiyoto Wiyono diarahkan ke Tol Dalam Kota. Banjir di Jakarta, khususnya di Jakarta Barat, Jakarta Timur, dan Jakarta Selatan, juga terjadi setelah hujan deras sepanjang Minggu sore. Hingga pukul 22.00 WIB, sekitar 53 RT di daerah tersebut terendam banjir. Kapusdatin BPBD DKI Jakarta, Mohamad Yohan, mengungkapkan bahwa banjir di Jakarta Selatan dan Timur disebabkan oleh hujan lebat serta banjir kiriman dari Bogor yang menyebabkan Kali Ciliwung meluap. Sementara di Jakarta Barat, banjir karena curah hujan yang tinggi. Banjir di Jakarta Barat juga menyebabkan empat ruas jalan terendam dengan ketinggian air mencapai 10-18 cm.
